A vegetação terrestre do Parque é dominada completamente por plantas de pequeno porte como gramíneas, herbáceas e ciperáceas.
Alguns coqueiros (Cocos nucifera) foram introduzidos em algumas ilhas, porém isso ocorreu antes da área ser decretada como Parque.
Acredita-se que essa introdução se deu por parte de antigos pescadores daquela região, os quais usufruíam das águas dos cocos, tendo em vista a ausência de água potável nas ilhas.
A vegetação marinha, extremamente rica em quantidade e variedade de espécies, possui uma importância enorme, pois desempenha nos habitats marinhos uma função ecológica igual a dos vegetais clorofilados em terra.
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