O arquipelago é composto por um grupo de cinco ilhas, são elas:
Ilha Santa Bárbara
É a maior e a principal ilha do arquipélago. Possui aproximadamente 1,5Km de extensão, 300m de largura e 35m acima do nível do mar.
Apesar de estar localizada praticamente no centro do Parque, pertence a Marinha do Brasil, não estando incluída nos limites do Parque nem sob sua jurisdição.
Por se tratar de uma base militar, o desembarque é expressamente proibido, sendo concedido somente mediante autorização do II Distrito Naval localizado em Salvador - BA.
É a única ilha habitada do arquipélago, também a única a possuir alguma infra-estrutura.
Nela existem, além do farol, algumas casas que servem de moradia às famílias dos militares, pessoal do IBAMA (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis) e pesquisadores.
Existem ainda outras construções como garagem para barcos, heliporto, capela (em homenagem a Santa Bárbara, Santa padroeira dos navegantes), e até uma pequena sala de aula que serve às crianças que ali vivem.
Por estar fora da jurisdição do Parque, é a única ilha em que foram introduzidos algumas plantas e animais, o que não é permitido nas outras ilhas.
O principal animal introduzido foram as cabras, que forneciam, além da carne, também o leite.
Em relação à presença das cabras hoje na ilha, existem certas contestações, pois como sua introdução já decorre de um bom tempo, toda a vegetação da ilha sofreu grande degradação com a presença desses animais que pastam o tempo todo.
Hoje, além da água potável, praticamente todo o alimento consumido dentro do arquipélago é trazido do continente, tendo em vista que a pesca não é permitida nos limites do Parque.
O Farol encravado num dos pontos mais altos da ilha foi Inaugurado em 1861 no reinado de D. Pedro II.
De fabricação francesa, mede 60m de altura, podendo sua luz alcançar mais de 20 milhas náuticas. De extrema importância, até hoje norteia os navegantes, indicando-lhes visualmente a localização dos perigosos recifes.
Juntamente com o sistema de rádio formam o posto da Marinha, a qual além de orientar a navegação emite boletins meteorológicos, fazem um trabalho de fiscalização das embarcações que fundeiam no arquipélago, e garantem presença permanente dentro de um território nacional.
Ela, juntamente com a ilha Siriba, abrigam a maior colônia do atobá-branco (Sula dactylatra) do arquipélago.
Ilha Sueste
É a segunda maior ilha do arquipélago, possui esse nome decorrente obviamente de sua localização.
Mede aproximadamente 500m de extensão, 200m de largura e 15m acima do nível do mar, sendo a ilha que se encontra mais afastada e a que abriga a maior colônia do atobá-marrom (Sula leucogaster) do arquipélago.
Ilha Redonda
Mede aproximadamente 400m de diâmetro por 36m de altura, sendo que a parte elevada
possui forma arredondada, e a parte inferior arenosa, prolonga-se em direção a ilha Siriba, local onde vem sendo feitos registros de desovas de tartarugas marinhas da espécie Caretta caretta.
Reduto principal e único local de reprodução das fragatas (Fregata magnificens), a ilha redonda teve sua parte superior totalmente queimada em um incêndio ocorrido no dia 01/01/97 o que causou a morte de mais de 200 aves, as quais não abandonaram seus ninhos construídos com ramos e raízes secas, sobre as moitas de vegetação.
Quanto as fragatas que restaram, estas habitam hoje a ilha Sueste junto com os atobás-marrom.
Ilha Siríba
à direita Ilha Siríba e à esquerda Ilha Redonda
Possui aproximadamente 300m de extensão por 100m de largura e 16m acima do nível do mar.
É a única ilha do arquipélago em que é permitido o desembarque e a visita por parte dos turistas.
Nessa visita, feita de forma programada e monitorada, caminha-se apenas ao redor da ilha, onde pode-se observar desde a formação do arquipélago, até diversas espécies de aves que colocam seus ninhos junto ao chão, um dos motivos de não se caminhar na parte central da ilha.
Ela, juntamente com a ilha Sta Bárbara, abriga a maior colônia do atobá-branco (Sula dactylatra) do arquipélago.
Ilha Guarita
Localizada 250m ao norte da ilha Sta Bárbara, é a menor de todas as ilhas do arquipélago,
possuindo apenas 100m de extensão e 13m acima do nível do mar.
É o principal local de reprodução do benedito (Anous stolidus), uma espécie de ave migratória, presente em Abrolhos durante os meses de março a novembro.
Formação Geológica das Ilhas
Quanto da formação das ilhas, todas são de origem vulcânica, possuindo também grande quantidade de rochas sedimentares.
Essa lava após sair pelas rachaduras se solidificava, e quando atingia a superfície, onde hoje é o arquipélago, formava as ilhas.
Nesse trajeto porém, trazia consigo grande quantidade de material sedimentar que compunha o fundo do oceano, e que também chegava a aflorar junto com a lava.
Sendo assim, as ilhas são compostas por rochas basálticas (rochas escuras de origem vulcânica) e rochas sedimentares, formadas por materiais depositados e solidificados no fundo do oceano durante muito tempo, e depois trazidos à tona junto com a lava.
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